有了名分，赵昺的王府护军便得以转正，自己是天下兵马副帅，自然改称帅府军，新军也就以此为骨干进行改组。全军共设前、后、左、右、中和水军六部，直属制置司统辖调配，与四司处于平行的地位。平日由安抚司进行管理。以赵昺来看，制置司就是司令部，决定战略及战役方向、下达作战命令，任命各。安抚司则是参谋部，负责组织训练，战前谋划，指挥战斗。其它三司就似是辅助单位，负责后勤、民政等事务。
赵昺作为创建人当仁不让的成为第一把手。原护军都统赵孟锦升任帅府军统制，兼任中军统领。中军置参军、书记、教头等幕僚和斥候队、亲兵队等直属队，下辖步军四个指挥，马军一个指挥。前军统领由黄显耀升任；左军统领由原护军步军指挥使刘志学升任；右军统制由原殿前军统领官韩振担任；后军统领由泉州揭阳义勇首领庄思齐担任。后四军机构设置相同，但下辖三个指挥。步军另设有炮军一个指挥，辎重两个指挥直属统制管辖。
步军所辖二十个指挥，计有官兵一万零三百二十人，暂时皆不满编。所部军官除各军各部升任或提拔的外，绝大多数军官皆来自原殿前军，他们的所有人除一队编入王府亲兵队外，大多官升一级，或两级。
之所以如此也是无奈之举，原护军训练时间尚短，本来就缺少合格的基层军官，根本不堪调用。而义勇各部更是如此，他们作战勇敢，但缺乏训练，军官只是由有声望或是武艺高超者担任，指挥作战全凭感觉。可殿前军经江氏父子严加整训，整体素质较高，原本想将他们作为精锐力量统一使用，但基于当前严峻的形势也只能拆散使用。
水军统制由副都统制刘洙升任，由于此次又接受大小船只二百余艘，仅操舟的水手就不是个小数目，操蛋的是船上原有的水手几乎都被带走，只留下空船。所以尽管当初原水军已经按照双倍人员配属，可也远远不够用，他们急需补充兵员。除将疍兵补入外，又让他们从义勇中优先挑选了一批擅水者补入，兵力也随之膨胀为五个指挥和十二个队，近五千人。但由于船有大小，各个指挥和队人数不尽相同。
按照原来定下选兵的规矩，指挥以下军官皆由所属主管选定，逐级选拔后报备到制司，而兵丁皆已按照名册划分完毕，他们只需照单接受。但这也考虑到了原有统属的关系，尽量将其老部队划拨到他们的麾下，以便于指挥。不适合执行战斗任务的人员、家眷和编余人员就只能暂时编入匠作营和王府老营之中。
随着各司的成立，参议局已经没有存在的必要，人员随即也分别补入各军各司之中担任文吏和幕僚。而匠作局也分为王府工正所和制司所属的都作院，总计局和医药局则整体转入制司统管，赵昺的自留地也只剩下内府这块地儿了……